В 1993 году актерско-режиссерский курс Петра Наумовича Фоменко (1932-2012) в ГИТИСе (набор 1988 года) указом мэра Москвы получил статус театра, художественным руководителем которого стал сам Петр Наумович. Потом еще дважды выпускники Фоменко пополняли театр.
В появившемся театре традиции русского репертуарного театра мирно уживаются со стремлением к новизне и эксперименту. Режиссеры мастерской работают в разнообразной стилистике. Самое главное - не черстветь душой, не погрязать в рутине, не переставать учиться, не бояться оглядываться назад и не прекращать двигаться вперед. Это те заветы П.Н. Фоменко, которым труппа следует доныне.
Первое время у коллектива не было собственного здания. В 2000 году мастерской передали полностью отреставрированное помещение, ранее принадлежавшее кинотеатру «Киев». В нем всего два небольших зала: «Зеленый» (129 мест) и «Серый» (112 мест). А на пятнадцатилетие театра в 2008 году «Мастерской П.Н. Фоменко» подарили новое уникальное строение на набережной Тараса Шевченко, прямо напротив входа в старое здание. Проект этой постройки был удостоен высшей архитектурной премии «Золотое сечение». В новом здании работают «Большой» (436 мест) и «Малый» (144 места) залы.
В новом помещении предусмотрено все для лиц с ограниченными возможностями: безбарьерный доступ в зрительные залы, лифт, специально оборудованные туалеты. Кроме того, в зрительных залах есть оборудование для улучшения качества приема слуховых аппаратов. Часть репертуара оттитрована, слабослышащие зрители могут бесплатно заказать планшет с титрами на русском языке.
Сегодня в афише театра десятки спектаклей, среди них и те, что были поставлены П.Н. Фоменко: «Одна абсолютно счастливая деревня» по Б.Б. Вахтину, «Он был титулярный советник» по «Запискам сумасшедшего» Н.В. Гоголя, «Бесприданница» А.Н. Островского, «Сказка Арденнского леса» Ю. Кима, «Триптих» по произведениям А.С. Пушкина.
В театре существует проект «Пробы и ошибки», в рамках которого актеры и режиссеры мастерской показывают свои самостоятельные работы, наиболее удачные их них пополняют репертуар, например «Проклятый север» - театральное сочинение третьей стажерской группы «Мастерской П.Н. Фоменко» по мотивам рассказов Юрия Казакова.
Театр много гастролирует, участвует в театральных фестивалях, как отечественных, так и зарубежных, не раз становился лауреатом различных премий: премии им. Станиславского, премии «Золотая маска», «Хрустальная Турандот», «Чайка» и «Гвоздь сезона», имеет призы и награды международных фестивалей.
В помещениях театра регулярно проводятся выставки театрального костюма, живописи, фотографии, скульптуры. В афишу театра включаются кинопоказы, поэтические и музыкальные вечера, лекции.