Московский театр «Мастерская П.Н. Фоменко» был основан в июле 1993 года указом мэра города Москвы. Однако сами «фоменки» (как с легкой руки журналистов называют актеров театра не только в Москве, но и во всем мире) ведут отсчет своей биографии с июля 1988 года. Тогда Петр Наумович Фоменко набрал группу студентов в свою учебную мастерскую на режиссерском факультете ГИТИСа.

Сегодня в труппе «Мастерской Петра Фоменко» 52 артиста и шесть режиссеров.

В начале своей жизни театр несколько лет вел «бездомное» существование. Пока в 1997 году постановлением Правительства города Москвы театру не было передано в хозяйственное ведение помещение, ранее принадлежавшее кинотеатру «Киев», по адресу: Кутузовский пр-т, 30/32. После ремонта и реконструкции, 13 января 2000 года, на старый Новый год, состоялось торжественное открытие реконструированного здания. Однако два маленьких тесных зала, в которых работала труппа «Мастерской», не могли в полной мере соответствовать тем задачам, которые стремились воплотить на сцене режиссеры театра. Постановлением Правительства города Москва было решено построить театру новое, отвечающее всем современным техническим требованиям здание.

В результате многомесячной совместной работы архитектурной мастерской С. В. Гнедовского «ПНКБ архитектура и культурная политика» и «Мастерской П.Н. Фоменко» в 2004 году был создан уникальный проект нового театрального здания. В 2005 году проект был удостоен высшей архитектурной премии «Золотое сечение» в номинации «лучший проект здания». Несколько лет строительства, и свое 15-летие в 2008 году театр встретил в новом доме, расположенном на набережной Тараса Шевченко, ровно напротив входа в старое здание.